一、关于效力问题
建设工程施工合同效力的认定既要正确理解和切实贯彻契约自由原则，又要充分认识施工合同的特殊性。要正确适用《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条和第四条关于合同无效情形的规定，依法认定合同效力。要正确区分合同变更与“黑白合同”。要妥善处理黑白合同问题，在裁判结果上，不能使当事人因合同无效获得比合同有效更多的利益。在多份合同均被认定无效时，应区分过错责任来结算工程款，而非一律以实际履行的合同来计算工程款，否则无异于鼓励当事人积极促成合同无效。在司法实践中，还应注意以下几个问题。
（一）关于中标通知书的效力
建设工程施工合同自中标通知书发出之日起成立并生效。从合同内容看，可以根据招投标文件的内容确定本约合同的主要条款。在招投标实践中，招标人可选择的合同对象比较广泛，投标人相对招标人来说，处于比较弱势的地位，中标人一旦遭遇投标人毁标的不利后果，可能面临巨大的损失。追究招标人本约的违约责任，有利于保护相对弱势的中标人。如果采用预约合同的观点，由于其违约责任明显低于本约合同的违约责任，这会大大降低违约方的违约成本，从结果上看，将有失公平。
（二）关于合同的效力
一般来讲，建设工程施工合同的发包人尚未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等行政审批手续的工程，与承包人签订的建设工程施工合同无效。发包人未取得建筑工程施工许可证、国有土地使用权证的，一般不影响施工合同的效力。对于建设工程施工合同的非实质性条款，应当允许当事人依据具体情况对于合同进行变更，不轻易认定合同无效。
应正确区分合同变更与“黑白合同”，当事人可以对合同的非实质性内容进行变更，招标投标法第四十六条第一款规定的“合同实质性内容”，主要指有关工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等约定内容。中标人作出的以明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设方捐款等承诺，应认定变更中标合同工程造价实质性内容。
二、关于相关各方利益公平保护问题
建设工程施工合同牵涉多方利益，应当根据合同履行情况，平等保护各方利益。
（一）合同约定固定价的调整
合同约定了固定价结算，系双方对自身风险的预判，应按固定价结算。但建设工程合同系继续性合同，时间跨度较大，合同履行过程中原材料价格发生重大变化、设计变更、工程量增加导致工程质量标准变化，签订合同时的预见性与现实可能完全不同，如按原合同结算工程价款，势必导致施工人承担巨额亏损，对施工人显失公平，应允许对合同价款予以调整。关于调整的幅度，有约定的按照约定处理，没有约定的，应考虑到建筑市场的利润率、合同的约定、招投标等情形综合确定，不使利益过分失衡。
（二）关于建设工程价款的优先受偿权
1、起算点：对于建设工程价款优先受偿权期限的起算点应当妥善把握，不让施工人轻易丧失优先受偿权。建设工程价款优先受偿权的期限的起算点为建设工程竣工之日或合同约定的竣工之日起算六个月。但如若合同约定发包人支付工程款日期在工程竣工之日六个月之后，或者因建设工程施工合同解除承包人主张工程款时工程尚未竣工的，优先受偿权从发包人应当给付工程款之日起算。
2、行使范围：要准确把握合同法第二百八十六条规定的优先受偿的工程价款的范围。建设工程价款优先受偿权的行使范围包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出费用，不包括承包人因发包人违约造成的损失。而利息系法定孳息，应属于建设工程价款优先受偿权的行使范围。从我国法律和司法实践中多个有关优先受偿的权利内容的横向比较来看，主债权的利息无一例外地被纳入优先受偿的债权范围。担保法第四十六条规定的抵押担保的范围包括主债权及利息；担保法第八十三条规定的留置担保的范围也包括主债权及利息。但超过同期同类人民银行贷款利率部分的利息，不属于工程价款优先受偿权的行使范围。
3、行使主体：在总包人或转包人不主张或怠于主张工程价款优先受偿权的情况下，应允许分包人或实际施工人就其承建的工程部分在发包人欠付工程款范围内向发包人主张工程价款优先受偿权。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条规定，“实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任”。因此，分包人和实际施工人完成了其与总包人或转包人之间合同约定的施工义务且工程质量合格的，分包人和实际施工人有权要求发包人在欠付工程款范围内承担责任，故在总包人或转包人不主张或怠于主张工程价款优先受偿权的情况下，应允许分包人或实际施工人就其承建的工程部分在发包人欠付工程款范围内向发包人主张工程价款优先受偿权。如果总包人已经主张了优先受偿权或发包人款项已经支付完毕，则分包人或实际施工人不能再行使优先受偿权，也就是说，分包人或实际施工人有条件地享有优先受偿权。
4、建设工程施工合同无效，但工程经竣工验收合格的，承包人亦应可以主张工程价款优先受偿权。建设工程施工合同的履行是承包人将劳动和建筑材料等物化的过程，是承包人投入人力和资金的成果。建设工程价款优先受偿权之设立就是通过保障这一特殊性质的工程款债权的实现，以达到有效保护承包人及劳动者利益的目的，实现法律的公平与正义。
5、建设工程债权转让后，受让人仍应享有优先受偿权。物权法第一百九十二条规定，“抵押权不得与债权分离而单独转让或者作为其他债权的担保。债权转让的，担保该债权的抵押权一并转让，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外”。参照该规定，建设工程承包人转让其在施工中形成的债权，其为享有优先权的债权，受让人基于转让而取得该项工程款债权，因而亦应当享有该工程款的优先受偿权。
6、建设工程优先受偿权能否放弃的问题，一直有争议。我们认为建设工程优先权的制度设计是从保护承包人的利益，最终保障农民工等劳动者生存利益考虑，体现了生存利益优先于经营利益的指导思想，体现了维护社会稳定、维护劳动者权益的政策考量，承包人订立合同时承诺放弃优先受偿权的，也不能因此认定其债权优先权因此丧失。
三、关于司法鉴定的问题
建设工程施工合同案件事实认定较为复杂，往往需要借助工程鉴定对工程造价、工期、质量、修复费用等予以确定。工程鉴定受各种因素制约，难以精准，当事人对鉴定结论的证据效力争议较大。
（一）要防止以鉴代审，慎重鉴定
如何利用司法鉴定认定事实，必须由法院行使审判权确定。人民法院根据建设工程施工合同案件审理需要进行司法鉴定的，要尊重合同中有关工程价款结算方法、标准的约定内容，严格执行工程造价、工程质量等鉴定程序的启动条件，尽量缩减鉴定的范围和次数。应严格把握鉴定的启动程序，避免多次重复鉴定，对于双方当事人对工程价款已经达成结算协议，又主张鉴定的，一般应不予支持。当事人对鉴定意见一部分提出异议且该异议经审查成立的，原则上仅针对该异议部分重新鉴定或补充鉴定，不应随意扩大鉴定范围。同时应当严格把握质量鉴定与重新鉴定启动的条件，不能使其成为拖延支付工程款的手段。
（二）关于质量鉴定
建设工程验收合格以后，或者没有竣工验收，但发包人擅自使用，发包人在诉讼中，请求对承包人所承建的工程质量进行鉴定的，一般不予支持。如果涉及到地基基础和主体结构的工程质量，只有在发包人对地基基础和主体结构的安全性提供重大缺陷的足够证据后，才可以启动鉴定。并且，鉴定范围应该严格限于对地基基础和主体结构的安全性是否符合规范进行鉴定。
（三）关于重新鉴定
当事人在提起诉讼前，共同委托的鉴定人已经对建设工程造价出具鉴定意见，诉讼中一方当事人申请重新鉴定的，不予准许。除非当事人有证据证明鉴定意见违反当事人有关鉴定程序、依据等有效约定，并对鉴定结果造成实质性影响，或者鉴定人无正当理由未出庭作证，不能通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决。
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