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当事人另行签订的补充协议，如果实质性的变更了中标合同中的内容，法院是可以按当事人的请求依照中标合同确定权利义务的。那么通过补充协议来变更，作用又如何呢？
一、裁判要旨
中标合同的相对人通过补充协议的方式约定下浮比例而中标合同中未约定的，就价格而言不认为是实质性的变更，可以作为价格结算的依据。
二、案情简介
1、2013年1月16日，天誉合公司作为发包人（甲方），国贸公司作为承包人（乙方）签订了二份《建设工程施工合同》，其中一份《建设工程施工合同》约定的工程名称为“金沙县2012年XXXXXX社区安置房项目一标段（东区）”，另一份《建设工程施工合同》约定的工程名称为“金沙县2012年XXXXXX社区安置房项目二标段（西区）”。
2、两份合同内容基本一致，其中约定工程项目总投资下浮后作为乙方最终结算总价，下浮比例双方另行协商。
3、2013年1月16日，天誉合公司（发包人、甲方）与国贸公司（承包人、乙方）另又签订一份《补充协议》，工程最终价款为按经审计的工程项目总投资下浮6%。
4、案涉工程于2013年3月1日开工。案涉工程的第一、第二、第三个5万平方米工程分别于2014年1月26日、2014年8月29日、2015年2月11日竣工验收合格。但双方对于工程款计算方式有疑议，国贸公司主张按照中标合同计算工程款，补充协议下浮6%的约定与中标合同的实质性内容不一致，该约定无效。天誉公司答辩称，补充协议中下浮6%的约定，是对中标合同的补充，合法有效。
5、一审法院认为：《补充协议》关于工程项目总投资下浮6%的约定与二份《建设工程施工合同》的约定相衔接和呼应，是对二份《建设工程施工合同》的补充和完善，且并未约定与二份《建设工程施工合同》实质性抵触的内容，《补充协议》系与二份《建设工程施工合同》在同一天签订，合同内容系双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的效力性强制性规定，因此《补充协议》合法有效。
6、二审法院对一审法院认定予以支持，认为《补充协议》中所约定的案涉工程价款下浮并非对中标合同作出了实质性变更或变相降低了工程价款。
三、裁判要点
案涉项目并非招投标的项目，因此法院没有过于严格要求。补充协议在同一天签订，对未明确的部分作出细化的约定，是对中标合同的补充与细化，不存在实质性抵触的问题。
四、实务经验总结
1、在签订合同时要注意条款的完整性和明确性，尽量不要通过补充协议的方式确定。
2、如果工程款的下浮比例在中标合同中不明确的，可以依照本案的方式签订补充协议。
3、单方发函要求变更，另一方不做回复的，变更不生效。
4、过分增加下浮比例损害施工人利益的，可以向法院提出异议，要求确定合理比例。
五、相关法律规定
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》
第二条 招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。
六、案件来源
重庆国际贸易集团有限公司与贵州省金沙县天誉合投资管理有限责任公司建设工程施工合同纠纷二审民事判决书
【（2019）最高法民终583号】
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