公司扣员工工资，都是违法的吗？

网传一家电子商务公司的员工，没有提前向公司申请请假，公司对她的工资作出各种扣减后，导致其2月份的工资为-1758.04元。
四川某某电子商务有限责任公司文件行政发——关于张某某旷工的追偿通知（来自网络）
尊敬的张女士:
经公司内部考勤核定，发现其在2025年2月6日早上未按照公司规章制度第三条奖励与惩罚的第三点进行提前请假申请,因此公司视为其旷工一次，扣除三倍日薪作为处罚，同时其在2月21日当日未上班打卡，且未进行请假申请，根据公司规章制度，视为其二次旷工，扣除三倍日薪作为处罚，即扣除6400/21.75*6=1765.52元，除此之外根据公司劳动合同第三条劳动纪律中第一点规则范围中第十点,旷工扣除当月绩效工资，即扣除3900元。
张女士工资构成为基本工资1000元，岗位工资1000元，职级工资500元，绩效3900元，2月应出勤19天，实际出勤天数共12.5天，加班为9.5小时，即加班费 2500/21.75/8*9.5*1.5=204.74元，此外2月社保个人部分469.14元，
除此之外,因为1月因为公司岗位变导致其工资多发放315.48元,即减去315.48元，最终2月工资应发放金额共-1758.04元，即：
6400-6400/21.75*(19-12.5)+204.74-3900-1765.52-469.14-315.48=-1758.04.
四川某某电子商务有限责任公司
2025年3月24日
这就是常见的缺勤管理，里面涉及的问题挺多，聊几个。
01
公司发负薪资合法吗？
有人会说公司把员工工资都扣成负数了，是不是违反了关于最低工资规定，另外不是公司扣减员工工资不能超过月薪的20%吗？
这是误解，扣减工资不超员工月薪的20%，是指员工给公司造成损失，为弥补损失，公司每月扣减的数额。
当员工缺勤，没有正常提供劳动，并不能依法获得最低工资，员工缺勤严重导致当月扣除缺勤日后的收入，低于应缴纳五险一金的个人承担部分的时候，就会产生工资负数的情况，可以看看这篇《员工没有工资，公司为什么是合法的？》。
02
旷工扣“三倍日薪”合法吗？
员工无故缺勤，扣当日正常工资是没问题的，再额外扣除两倍日薪作为经济处罚是有点问题的。
《企业职工奖惩条例》曾规定，企业可以对违规员工实施罚款，但这个条例只针对全民所有制和城镇集体所有制企业的职工，最重要的是这个条例在2008年已经废止了。
2008年之后的各个地方，情况不太相同，主要有绝对禁止和允许罚款两种情况。
绝对禁止：明确禁止公司对员工进行罚款（2019年《广东省劳动保障监察条例》第50条、2006年《山东省企业工资支付规定》第29、30条）。
允许罚款：可以通过规章制度对员工罚款，这个观点认为企业扣减工资跟行政罚款权完全不同，应该被认定是劳动合同双方当事人的一种约定，只要企业内部的规章制度不违法、经过民主公示程序，公司可以对员工罚款，但罚款后的工资数额，不能低于当地最低工资标准（《北京市工资支付规定》第11条、《深圳经济特区和谐劳动关系促进条例》第16条、《天津市工资支付规定》第36条、《江苏省工资支付条例》第12条）。
03
直接扣绩效工资合法性吗？
这个问题和上面“允许罚款”的观点是相关的，罚的款也许就是这个绩效工资，绩效工资可以看《公司扣绩效工资违法吗？》。